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关于基于高通量测序数据的统计基因组学新方法培训班的通知

植物研究进展2021-01-08 12:06:47

关于基于高通量测序数据的统计基因组学新方法

培训班的通知

(第一轮通知)

随着测序技术的进步和测序成本的下降,获得高通量全基因组组学数据已成为常规,这为遗传分析提供了新机遇。为提高广大研究生与青年教师处理测序海量组学数据的能力,拟在5月7日~11日开展“基于高通量测序数据的统计基因组学新方法培训班”,主讲教师为美国北卡罗来纳州立大学生物信息研究中心曾昭邦教授和华中农业大学严建兵教授、章元明教授、李林教授和陈伟教授,欢迎广大同行和研究生积极报名参加。

现将有关事宜通知如下:

一、主办单位

主办单位:华中农业大学植物科学技术学院

二、培训时间与地点

培训时间:2018年5月7日报到;5月8日~11日培训

培训地点:华中农业大学植物科学技术学院(武汉

三、培训费用与人数

培训费用:1500元/人(校外统一安排食宿),200元/人(校内,统一安排用餐,不提供住宿)。

培训人数:为保证培训质量,培训班人数将控制在60人之内。每个单位报名人数不超过4人。报名时请附简历。具体学员由学术组审核决定。

四、报到与住宿安排

报到地点:武汉洪山区狮子山路1号华中农业大学国际学术交流中心。

住宿地点:武汉洪山区狮子山路1号华中农业大学国际学术交流中心宾馆。标准间、单人间会务协议价约300元左右。食宿自理。

五、联系方式

李  林,13247181095,hzaulilin@mail.hzau.edu.cn

陈  伟,18995611853chenwei0609@mail.hzau.edu.cn

章元明,13505161564,soyzhang@mail.hzau.edu.cn

六、注意事项

请申请培训人员务必于2018年4月1日前通过电子邮件发送回执至联系人信箱(邮件主题请注明“培训班回执”),以便妥善安排。未按时发送回执者将不能保证住宿的安排。

 

华中农业大学植物科学技术学院

2018年3月2日


附件一:培训安排

一、授课教师

曾昭邦教授,美国北卡罗莱纳州立大学生物信息研究中心William Neal Reynolds杰出教授,英国爱丁堡大学博士(导师W G Hill教授)和北卡罗莱纳州立大学博士后(合作导师C Clark Cockerham教授),美国统计学会Fellow。担任Genetics、TPB和BMC Genetics等刊物编委,NIH、NSF和USDA项目评委。长期从事QTL定位方法学研究和组学数据分析的相关研究。提出的QTL定位复合区间作图、多区间作图、多性状作图、显性标记利用的多位点方法及其研制的软件包win QTL Cartographer和eQTL viewer在国际上得到广泛应用。在PNAS、Nature Methods、Journal of the Royal Statistical Society, Series B、PLoS Genetics、Genetics和Biometrics等发表SCI论文94篇,联合组织第三届国际数量遗传学大会并在第三和五届国际数量遗传学大会作特邀大会报告,培养博士和博士后30位。

严建兵教授,博士,现任华中农业大学植物科技学院院长,博士生导师,作物遗传改良国家重点实验室副主任。“长江学者奖励计划”特聘教授,“国家杰出青年基金”获得者,国际玉米小麦改良中心和康奈尔大学博士后,国际玉米小麦改良中心科学家。主要从事玉米种质资源创新和分子遗传育种研究。回国后在Nature Genetics、Nature Communications、PNAS、PLoS Genetics、Plant Cell、Molecular Plant、Plant Physiology、New Phytologist等主流期刊发表论文80余篇;获授权专利8项。获日本国际青年农业科学家奖、杜邦青年教授奖、中国青年科技奖、国家科技发明二等奖等国内外奖项。担任Theor Appl Genet、Molecular Breeding、BMC Plant Biology、Plant Genome和Journal of Integrative Plant Biology等杂志编委。

章元明教授,博士,华中农大植物科技学院教授,楚天学者特聘教授、教育部新世纪人才和国家精品课程《生物统计与田间试验》主要负责人,英国遗传学会会员、加拿大作物学会荣誉会员。长期从事统计遗传方法学研究工作。建立了关联分析混合线性模型方法,并发展了多位点GWAS方法;提出QTL定位的GCIM方法;提出了偏分离群体连锁图矫正方法;开展了基因组变异与复杂性状形成的分子进化机制研究;系统拓展主基因+多基因混合遗传分析方法;研制mrMLM、DistortedMap和SEA软件包。在Mol Biol Evol、Physics of Life Reviews、BMC Biology、Brief Bioinform、Proceedings B、PLoS Comput Biol和Genetics等发表SCI论文66篇。担任Heredity、Sci Rep、Frontiers in Plant Science、BMC Genetics、Canadian J of Plant Sci和作物学报编委,NSFC会评专家。培养博士后、博士和硕士54人,主编《生物统计学》教材3部,出版《植物数量性状遗传体系》(合著)和《数量性状分离分析与R软件》专著。获教育部自然科学二等奖1项。在第三届国际数量遗传学大会作特邀大会报告。

李林教授,博士,2010年毕业于中国农业大学,2016年加入华中农业大学植物科技学院。主要从事玉米系统生物学与功能基因组学研究。利用系统生物学方法系统研究了玉米株高变异的分子机制;利用玉米RIL群体转录组数据,发现了355个非孟德尔遗传调控的表达变异基因并验证了部分基因功能;率先鉴定了玉米长链非编码线性与环状基因,研究了其可能的形成机理及其对表型变异的分子作用机制;结合高精度标记技术,建立了玉米全基因组重组图谱,发现玉米基因内重组变异相对稳定并影响表型变异的遗传,基因间重组是群体间变异的主因;利用高通量大群体,检测了约800个玉米株型QTL,以剖析其遗传基础。在Genome Biology、PLoS Genetics、New Phytologist、Plant Physiology、Nature和Nature Communications等上发表论文25篇。

陈伟教授,华中农业大学植物科技学院教授,研究方向为植物代谢组学。主要包括代谢数据库的建立、代谢物结构的解析、代谢数量性状位点(mQTL和mGWAS)的定位以及代谢相关基因的克隆和生物学功能验证。近年来,相关研究成果分别发表在Nat Genet、Nature Communications、PNAS和Plant Cell等杂志。

二、培训时间

理论讲授与上机培训时间5月8~11日

备注:计算机程序(R programs)

请参加培训的同学和老师自备笔计本电脑

三、培训大纲

Part 1 Quantitative Trait Locus (QTL) Mapping

1. Introduction and quantitative genetic models

2. Genomic inference of relationship between genotypes and trait phenotype

3. Genomic inference of multiple trait relationships

4. Genomic inference of epistasis

5. Systems Genetical analysis

6. The new methods and their application for fast mapping of QTG using the sequenced dataset


Part 2 Genome-wide Association Studies (GWAS)

7. Multi-locus GWAS methodologiesfor complex traits

8. R software “mrMLM” for multi-locus GWAS methods


Part 3 Omics data analysis

9. Metabonomics data analysis

10. Big genomic data analysis

 

附件二:培训班回执

基于高通量测序数据的统计基因组学新方法培训班回执

姓  名


职称


年龄


性  别


住宿

(  )单住   (  )合住

单位名称


通讯地址(邮编)


联系电话(手机)


E-mail


备注:回执请发送至hzaulilin@mail.hzau.edu.cn(李林教授)

chenwei0609@mail.hzau.edu.cn(陈伟教授)

回执下载:

链接: https://pan.baidu.com/s/1sOdMLI4YaD9x4zXUdovWpA

密码: bk7q

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